Aux 15e et 16e siècles, les besoins du Trésor continuent de faire proliférer les droits d'entrée et de sortie. Leur recouvrement excède les capacités des officiers royaux et le système de l'affermage est largement utilisé. Chaque droit est affermé séparément. Ainsi le dédouanement d'un chargement composite peut-il faire intervenir plusieurs "services". Mais l'utilité des droits de douane est mieux perçue par le pouvoir royal qui y voit un moyen d'encourager le commerce et de protéger les manufactures royales. Les soieries lyonnaises doivent à François 1er une protection douanière particulière. En 1598, Sully confie à une seule ferme, au lieu de cinq, la perception des droits levés dans le groupe des provinces soumises aux droits du Roi (provinces dites des "Cinq Grosses Fermes"). En 1607, il promulgue un Règlement Général sur les traites qui tend à uniformiser les pratiques administratives. En même temps, Sully s'efforce de constituer l'ensemble du royaume en un unique territoire douanier. Il somme les provinces "réputées étrangères" de se réunir aux "Cinq Grosses Fermes", mais sans succès.

Au milieu du 17e siècle, lorsque Colbert arrive aux affaires, le territoire français est divisé en trois parties principales: les provinces des "Cinq Grosses Fermes", les provinces "réputées étrangères", les provinces "à l'instar de l'étranger effectif" qui forment des zones franches. Les droits alors perçus, dont la diversité est sans limite, portent des appellations parfois pittoresques: les convoi et comptablie de Bordeaux, la table de fer, la branche de cyprès de Blaye, le premier tonneau de fret, l'entrée de Calais, le sénage, le quillage et le célerage de Nantes, la traite morte de Bretagne, la coutume de Bayonne, le péage d'Aix...
Jean-Baptiste Colbert, contrôleur général des Finances sous Louis XIV, est considéré comme le père de la douane moderne. Inspiré par la doctrine mercantiliste, Colbert croit que la richesse d'un pays est à la mesure de ses réserves en numéraire. Il faut donc exporter le plus possible de produits de valeur et en importer le moins possible. D'où la nécessité de développer le commerce, l'industrie et les cultures industrielles. L'Etat doit intervenir dans ce sens en aidant la marine marchande, en suscitant et en protégeant les productions nationales, en abolissant les douanes intérieures. Ainsi, pour développer et protéger les productions nationales, des subventions et des exemptions fiscales sont attribuées aux manufactures, outre un monopole de fabrication et de vente.
Le rôle économique des droits de douane est affirmé par le tarif douanier de 1664 qui établit une protection modérée. Le tarif de 1667 fixe une tarification beaucoup plus élevée de certains produits, en vue d'écarter les productions hollandaises et anglaises, ce qui provoquera des représailles commerciales et conduira à la guerre, mais les manufactures françaises connaissent un réel essor. Le tarif de 1664 n'ayant pu être étendu à tout le royaume par suite de l'opposition des provinces "réputées étrangères", le tarif de 1667 leur est imposé. Il ne fait pas disparaître les douanes intérieures; mais pour la première fois, la France dispose à ses frontières d'un début de tarif national qui s'appliquera, à la fin du siècle suivant, à plus des 2/5 des marchandises. Enfin, deux grandes ordonnances codifient et précisent le droit douanier en 1681 et 1687. Ces deux textes sont à la base de la législation douanière moderne. Si la doctrine économique de Colbert continue de prévaloir, en principe, jusqu'à la fin de l'Ancien Régime, l'abolition des barrières intérieures, le transfert des bureaux de traites aux frontières du Royaume, l'élaboration d'un tarif douanier unique sont autant d'objectifs auxquels Trudaine, Necker et Calonne travaillent sans les atteindre, tant est forte la résistance des bénéficiaires du régime.
A la veille de la Révolution de 1789, presque tous les droits de traite et autres droits indirects (y compris la gabelle du sel et nombre de droits de tarifs locaux) sont affermés par bail de six ans à une compagnie de financiers (les traitants ou partisans) connue sous l'appellation de Ferme Générale. Forts de l'endettement de la monarchie et malgré, parfois, d'obscures origines, les fermiers généraux, amassant des fortunes immenses, jouent un rôle politique et social considérable. La première génération de ces financiers, celle des Crozat et des frères Paris, s'attire la haine populaire par son avidité et ses excès, pour lesquels paieront à la fin du siècle des hommes de valeur tels que Lavoisier.
Dans son organisation, la Ferme Générale ignore le clivage entre provinces des "Cinq Grosses Fermes" et "provinces réputées étrangères". Elle perçoit, dans chaque zone, les droits exigibles qui font l'objet de son bail. Elle a son siège à Paris. La direction de la Compagnie est assurée collégialement depuis Paris par les fermiers généraux qui se réunissent en "comités" spécialisés et se répartissent le contrôle des services extérieurs. Ceux-ci comptent jusqu'à 42 directions en province et près de 25 000 agents appartenant à deux branches d'activité: celle des "bureaux" qui vérifie, liquide, perçoit et celle des "brigades" qui prévient, recherche et réprime la contrebande. Les employés de la Ferme ne sont pas des fonctionnaires royaux, mais ils agissent "au nom du Roi". Ils bénéficient, à ce titre, des privilèges et de la protection de la loi.