A la fin du 18e siècle, la Ferme générale fait figure de bouc-émissaire. Autant que l'institution, ce sont les hommes qui la dirigent que l'on condamne au nom de la morale et parce que les fermiers, hommes nouveaux, aux fortunes immenses et subites, semblent être le produit d'une perversion de "l'ordre social". Au niveau de l'application, la multiplicité des droits et la complexité des règlements sont, dans les bureaux, une source de retards, voire de tracasseries. Les manières parfois rudes des agents des brigades ne contribuent pas à rendre cette fiscalité indolore. Il est vrai que leur métier est dangereux: les exploits de Mandrin et de ses émules en témoignent, qui firent un important massacre de "gapians" isolés et souvent désarmés. En faisant réprimer très sévèrement la fraude par des juridictions d'exception qui envoient aux galères nombre de contrebandiers, le Roi paraît soutenir les abus que l'on impute - à tort ou à raison - à la Compagnie et à ses agents. Partout, la gabelle, de tous les droits le plus impopulaire car le plus injuste, entretient la colère du peuple.
Avec la Révolution naît l'administration des douanes moderne. Les barrières intérieures sont supprimées par la Constituante ainsi que la gabelle du sel. Suite à la résiliation du bail Mager le 21 mars 1791, la Ferme générale est nationalisée alors que ses effectifs sont ramenés à 15 000 agents.
Le nouveau service, dont le personnel est exclusivement préposé à la police du commerce extérieur, constitue une Régie. Son organisation est confiée à quelques anciens fermiers généraux, vite éliminés, et à des fonctionnaires de la Ferme générale. Parmi ceux-ci, deux noms se détachent: Magnien et Collin, l'un et l'autre sortis du rang. L'Assemblée dote la Régie de deux outils de base: - un tarif des droits à percevoir l'entrée et à la sortie du royaume, d'inspiration modérément protectionniste - un code qui reprend l'essentiel des procédures jusqu'alors en vigueur.
Ni les hommes ni les méthodes ne sont vraiment nouveaux, mais une administration d'Etat vient de naître.