La guerre change radicalement l'orientation de la politique douanière. Pour préserver l'approvisionnement du pays et face à l'ennemi, les gouvernements se font prohibitionnistes. Le blocus continental marquera l'apogée de cette évolution. En même temps, l'expansionnisme français crée un immense empire de 130 départements aux limites duquel veillent 35 000 douaniers. L'importance de la douane croît au même rythme que la rigueur de la politique douanière. Entre-temps, Bonaparte a réorganisé l'administration centrale.
En 1801, au collège des régisseurs, il a substitué en directeur général assisté d'un conseil d'administration. Le personnage clé en est Jean-Baptiste Collin, devenu ensuite comte de Sussy. Toute puissante avec ses tribunaux d'exception, la Douane française est organisée militairement; elle est présente jusque dans les états satellites. A partir de 1815, l'installation durable du protectionnisme assure à la Douane une place de premier plan dans l'appareil d'Etat. Deux hommes la marquent de leur empreinte durant la période 1814-1860: le comte Pierre de Saint-Cricq qui fait de l'Hôtel d'Uzès, siège de la Direction Générale, une sorte de ministère et Théodore Greterin, installé à l'Hôtel du Mont Thabor. Cependant la politique douanière pratiquée depuis 1815 est contestée par une minorité acquise aux théories libre-échangistes. Jacques Boucher de Perthes en fait partie, Napoléon III également. Mais l'empereur devra attendre l'année 1860 pour imposer ses vues. Il opère alors un "coup d'état douanier" en négociant secrètement avec l'Angleterre un traité de commerce d'inspiration libérale. Cet acte institue un tarif conventionnel très modère dont le bénéfice va être étendu aux principaux partenaires commerciaux de la France.
Cette nouvelle politique économique stimule les échanges internationaux, que le chemin de fer et la navigation à vapeur accélèrent. Enfin, dans le même temps, alors que les traités de 1815 avaient rendu approximativement aux frontières françaises leur tracé d'avant la Révolution, les lignes des douanes se déplacent à nouveau à deux reprises: en 1860, lors de l'annexion de Nice et de la Savoie, opération qui s'accompagne de la création d'une grande zone franche en Haute-Savoie et qui est suivie de l'intégration de la principauté de Monaco dans le territoire douanier français; en 1871, avec la perte de l'Alsace et d'une partie de la Lorraine.
A ses débuts, la IIIe République poursuit la politique douanière innovée en 1860 mais les adversaires du libre-échange, favorisés par la conjoncture internationale, l'emportent en 1892. A nouveau, et pour plus d'un demi-siècle, triomphe le protectionnisme qu'incarne Jules Méline. Qui plus est, durant la Grande Guerre, l'Etat doit renforcer encore son contrôle sur les échanges internationaux.
La paix revenue, la Société des Nations va tenter de promouvoir le libre-échange. Mais la crise économique de 1929 vouera cet effort à l'échec. Le retour en force du protectionnisme rend à la Douane l'importance qu'elle avait en partie perdue. Et c'est avec des effectifs à peu près constants, voire réduits, qu'elle doit appliquer des tarifs complexes, développer ses contrôles, s'adapter aux progrès technologiques, faire face à la fraude.