La seconde guerre mondiale conduit la France à remettre en vigueur, sous la forme moderne du contingentement, le système des prohibitions abandonné en 1860 et à instituer le contrôle des changes. Au lendemain du conflit, l'intervention de l'Etat dans le domaine du commerce extérieur et, par conséquent, celle de la Douane sont plus poussés que jamais. A partir des années cinquante, les échanges se libèrent progressivement. Le développement spectaculaire et la diversification du commerce extérieur de la France, la complexité des réglementations à mettre en oeuvre, les aléas de la construction européenne conduisent la Douane à adapter constamment son organisation, ses procédures et ses méthodes d'intervention. Pour accélérer les opérations de dédouanement de nouvelles méthodes de travail voient le jour; les procédures sont simplifiées. La création de bureaux à contrôles juxtaposés, l'ouverture de bureaux à l'intérieur du territoire, le traitement des opérations de dédouanement par informatique sont des étapes importantes de l'adaptation de la Douane à son nouvel environnement. Membre fondateur du Conseil de Coopération douanière, qui regroupe aujourd'hui plus de 100 Etats, la douane française s'engage dans une politique volontariste de coopération internationale.
Ainsi, peu à peu, l'effacement progressif des frontières douanières se réalise.L'application des accords du GATT, la création des unions douanières notamment de la Communauté européenne, la mise en place des règles tarifaires plus favorables au profit des pays en voie de développement aboutissent à une réduction sensible, voire à une disparition, des droits et taxes à percevoir lors du franchissement des frontières. La disparition des frontières fiscale en 1993 est l'aboutissement de cette évolution. Elle permet, depuis le 1er janvier 1993, la libre circulation des personnes, des marchandises, des capitaux et des services à l'intérieur de la Communauté européenne.
La Douane continue à assurer ses missions dans ce nouvel environnement avec des méthodes d'intervention et un dispositif adapté.